必須指出的是，由于受到基本工作原理的限制，MBBM消磁系統的效果時常不盡如人意。從時域上來看，無論如何提高控制器的速度，也仍然存在時間差；從磁場傳輸原理來看，由于磁場強度與信號源（消磁線圈就是一個信號源）距離的平方成反比，反相消磁場強在三維消磁線圈所包圍的局部空間內梯度變化很大，而環境場強的梯度往往是比較均勻的，故此，消磁后的合成磁場一般是不均勻的。探測器所在的 a 點位置合成磁場zui小，離開 a 點位置越遠消磁效果越差。也就是說，MBBM消磁系統的實際效果往往遠不如控制器自己顯示的那么好，實際有效空間也遠小于三維消磁線圈所包圍的空間。
 

　　由MBBM消磁系統的基本工作原理可知，在反相消磁線圈的作用范圍內，其場強并不是均勻的。探測器所在位置消磁效果，逐漸遠離探測器所在的位置時，就會發現消磁效果逐漸變差，這種不均勻性是主動式消磁器的固有弱點。主動式消磁器的消磁效果以其探測器為中心向外遞減，其等強度面為球形。
 

　　由于大多數情況下需要消磁的區域為一個垂直圓柱形，為改進效果可以使用雙探測器，一般兩個探測器間距 0.5 米～1 米，距離過大效果反而變差，距離過小則效果等同單探測器。